改善，复有社会反对分子潜入，故元英宗至治二年(1322年)后又遭禁断。
此后该教的僧人渐渐远离“白莲宗”的名号，回归到正统佛教当中，而民间仍在继续流传，并进一步与弥勒教、明教等相混合，称为白莲教，成为民间秘密宗教。
此后白莲教一发不可收拾，拉起了造反的大高潮。泰定二年(1325年)，河南息州白莲教赵丑厮、郭菩萨宣传“弥勒佛当有天下”，聚众起事。元顺帝至元三年(1337年)，河南陈州白莲教胡闰儿(棒胡)称弥勒佛已经降生，聚众烧香起事。顺帝至元四年(1338年)，江西袁州彭莹玉、周子旺组织白莲教起事。
顺帝至正十一年(1351年)，元朝政府强征民夫堵塞黄河缺口，引发了全国规模的红巾军大起义，红巾军即与白莲教有密切的关系。红巾军领袖韩山童父子，便是以家传白莲教聚众起事，宣传口号为“弥勒降生”、“明王出世”。朱元璋依附“明教”起义，宣称“黑暗即将过去，光明将要到来”，其实也受到白莲教影响。至此弥勒教正式融入白莲教。后朱元璋亦以“明”为国号。朱元璋升为天子之后，知道白莲教会对帝国构成威胁，纳李善长之议，多次取缔白莲教，《大明律》规定“为首者绞，从者各杖一百，流三千里。”明成祖永乐十八年二月(1420年)山东白莲教女教首唐赛儿发动起义，旋即失败。
明宪宗成化十八年(1482年)，山东即墨军人罗思孚在北直隶创立了罗教，提倡“真空家乡，无生父母”的教义，认为人终究必须回到“无生父母”的身边，而“无生父母”成为最高阶的主神。“无生父母”此一概念，演变为惟一的女性神“无生老母”，无生老母为白莲教等等教派所接受，几乎皆以“无生老母”为主神，并有三教合流的姿态，宣扬“无生老母”将派遣弥勒佛下凡拯救世人。
明神宗万历年间，有所谓的闻香教，“蓟州人王森得妖狐异香，倡白莲教，自称闻香教主。其徒有大小传头及会主诸号，蔓延畿辅、山东、山西、河南、陕西、四川。森居滦州石佛座，徒党输金钱称朝贡，飞竹筹报机事，一日数千里。……四十二年，森复为有司所摄。越五岁，毙于狱。”王森伏诛后，他的信徒巨野徐鸿儒、武邑于弘志分别于今山东、河北发动武装叛乱，均遭
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