明政府的残酷镇压。
万历十五年(1587年)，都察院左都御史辛自修奏：“白莲教、无为教、罗教，蔓引株连，流传愈广，踪迹诡秘。北直隶、山东、河南颇众。”万历二十五年刑部侍郎吕坤奏称：“白莲结社，遍及四方，教主传头，所在成聚。倘有招呼之首，此其归附之人。”万历四十三年，白莲教发展至高峰，“近日妖僧流道聚众谈经，醵钱轮会。一名涅槃教，一名红封教，一名老子教。又有罗祖教、南无教、净空教、悟明教、大成无为教，皆讳白莲之名”。
清入关后，白莲教增加了许多支派，如老官斋、八卦教，其名目繁多，加上旧有支派，竟高达百余种，教义更加芜杂。清朝的白莲教徒以反抗为己任，倡言“日月复来”，举起反清复明的旗帜，从而遭到清朝镇压。
清顺治、康熙、雍正、乾隆时期，白莲教活动频繁。到了乾隆后期，清朝国力日衰，是白莲教鼎盛时期，在东北和南方各省广泛流行，其中又以大乘教流行最广。乾隆三十九年(1774年)清水教徒王伦聚众起义。
嘉庆年间白莲教与地方人民结合，引发川楚教乱颇伤清朝国力。嘉庆年间的白莲教起义，前后持续了9年零4个月，最早参加者多为白莲教徒。参加的人数多达几十万，起义爆发于四川、湖北、陕西边境地区，斗争区域遍及湖北、四川、陕西、河南、甘肃5省，甚至还波及到湖南省的龙山县。白莲教起义军在历时9年多的战斗中，占据或攻破清朝府、州、县、厅、卫等204个，抗击清政府从全国16个省征调的兵力，歼灭了大量清军，使清军损失一、二品高级将领20多人，副将、参将以下的军官400多人。清政府为镇压起义，共耗费白银2亿两，相当于当时清政府5年的财政收入。从此，清王朝从所谓“隆盛之世”陷入了武力削弱、财政奇黜的困境，迅速跌入没落的深渊。
之后1813年天理教之乱是最后一次白莲教名义的叛乱，之后逐渐消失于历史。
1898年，山东义和团之扶清灭洋运动的主要团队、有部分追溯起源于白莲教的分支派八卦教。根据清末学者劳乃宣考证，义和团起源于白莲教。但义和团的信仰主要为中国主流文化信仰，如义和团提出的保“华教”、反“洋教”，华教主要是尊孔教、讲人伦、祀祖宗、尊玉皇、拜
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