实际上本来就是傀儡的后醍醐，自然是半点实权都没有，就连怀良亲王这个南朝的实际掌控者，也被彻底架空，驻守倭国的大明军队只听令于朱棣派去的官员。
至此，倭国算是变相的亡了国，成为了大明实际上的附庸，连藩属国都算不上。假以时日之后，就会被慢慢消化，彻底成为大明的领土。
对此，倭国的国内也有激烈的反应。
在跟随大明的军队回到了倭国之后，后醍醐天皇在大明官员的虎视眈眈之下，下了一道诏书，声明自己并不如传说那样，是创世神天照大神的后裔，所谓的天皇不过是普通凡人罢了。如今他要自削去天皇称呼，从此成为大明的一名指挥使，并且命令倭国民众要从此效忠于大明，对大明天子永乐皇帝陛下忠心不二。
对此，倭国的豪门贵族以及武士们都无法接受，纷纷起兵作乱。尤其是足利尊氏的老巢倭国北朝，在足利尊氏残余族人的带领下，跳得最凶，直呼后醍醐没有资格当天皇，自己从皇室旁支之中找了个支系立为傀儡，征讨后醍醐以及明军，想要恢复以往南北朝割据的局面，而且因为后醍醐自削天皇称号的关系，就连南朝这边都有不少贵族加入到北朝的反抗军之中。