无法对朝廷和皇帝忠诚，毕竟他们的粮饷直接掌握在上级军官们的手中，不管这些粮饷是怎么来的，毕竟是经过这些军官们发给士卒的，所以很多时候士卒们和主帅关系过于密切，这显然不是朱载坖想要的局面，粮饷都是民脂民膏，是百姓的膏血，朝廷的供养，要忠君爱国，才是官军的目的。
所以朱载坖认为要改革官军的粮饷发放制度，朱载坖说道：“以朕所知，各级将校利心重者不独以少报多，且扣其褂、粮价等费，层层剥削，所余无多，此为官军之大弊也。”
这点确实是大明官军甚至是前代军队的通病，统兵大将将军中的一切事情全部统管，各级军官们也是如此，士卒们的一切事物都在主官手中掌握，这就必然导致了在军饷、军粮的拨发中弊端丛生，而且很多时候从地方官府拨给官军就存在所谓的漂没，而逐级漂没下来之后，真正到了士卒们手中的军粮军饷就极为有些了。
这点不光朱载坖清楚，在坐的重臣们也很清楚，朝廷所拨发的军粮军饷，有不少是到了私人的腰包中的，朱载坖认为，要建立完善的后勤制度，分去统兵大将的后勤权力，减少在粮饷发放中的各种舞弊问题。首先就是要在军中也建立起财政管理部门。
朱载坖决定设立总后勤部，负责大明水陆官军的粮秣、后勤等事务，设户部左侍郎署总后勤部一名，负责筹计全军粮饷、装服等事；每镇设立正军需官1名，负责考察全镇粮饷、服装等事，并且兼任后勤司长官；每标设立副军需官1员，其听从正军需官指挥差遣，并独立负责督理本标粮饷、被服事宜，步马标军需官兼管军械、弹药等事；每营设置军需长1员，办理营一级饷械、被服、后勤各事。
同时在卫所官军中一样设立专门负责后勤管理的部门，加强对于后勤的管理，将后勤粮秣等事项从统兵大将处转移到专门的后勤机关中来，这样做的目的是使得官军的使整个后勤管理系统相对独立。每级军需官并不受其同级官长节制，同时各级军需官既受上一级军需长官的差遣，又对总后勤部负责，在整个后勤体系内相互制约，从而尽可能地避免饷械管理的舞弊行为。
同时厘清后勤部门的权限，朱载坖之前在西苑中详细思考了整个官军的后勤体系建设，朱载坖很清楚，要直接由朝廷将军饷发到每名士卒手上先对还是比较困难的，
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