方本就不太适合军屯，朝廷在清丈的时候，以维持现状为主，不能要求恢复到之前的屯田的数额。
对于这个要求，朱载坖是同意的，但是这些卫所军士，也要有生计啊，在清丈之后，要明确这些屯田属于朝廷，不能买卖，给现在耕种的军户发给凭证，防止这些屯田被侵占了。
还有就是卫所仓储的问题，原本卫所是有仓储的，专门用于收储军屯籽粒的，但是宣宗是规定：“宜通行天下司、府、州、县原有仓分者，以卫所仓并属之；原无仓分者，就以卫所仓改易其名隶之。惟辽东、甘肃、宁夏、万全，沿海卫所无府州县者，仍旧卫所。”
这样使得腹地的卫所仓储被取消，只能依靠地方州县，导致卫所和州县的矛盾更加尖锐。