军受田一份即五十亩，交纳正粮十二石,储存于本卫屯仓,由本军自支。另纳余粮六石为本卫所军官俸粮。永乐时在此基础上制定了屯田官军赏罚条例,规定每军除每年应交纳的正余粮外,生产粮食多的卫所有赏赐,生产不足的要罚军官的俸禄。
对于这种制度，首先就是科则太重，对于军屯来说，是民田科则的数倍，军户们很难承担，所以朱载坖采取的办法是军田民田统一科则，不准额外加征，之前为了防止卫所军官在征收赋税的时候欺压军户，曾经命令由地方州县征收赋税之后支给卫所，但是五军都督府认为这样不便，请求仍旧由卫所自己征收籽粒。
对于军屯，各个都司虽然都在减少，但是其减少的原因是各不相同的，对于腹地的都司尤其是两京和东南等地的都司来说，主要存在的问题是军屯田地的被侵占，因为这些地方承平日久，没有战事，人口滋生，土地紧张，可供开垦的土地都被开垦殆尽了，不管是地方豪强还是卫所军官，都大肆兼并军屯，而且因为军屯的土地，卫所和地方的经常打口水仗。
张居正等人仅仅举出一例，在英宗朝时，直隶苏州卫奏：本卫军士原辟屯田一十四顷，比因他役未及耕种，而常熟县民人据之以为己有，请仍给军屯种为便。事下行在户部覆奏以为，军既他役，不当复给以田，请仍令民佃，而租税如屯田例征收，诏从之。
苏州卫之前在常熟屯垦了一些土地，后来军士调走之后，这些百姓就将军屯的土地予以侵占耕种，而地方官府为了这些土地就和卫所开始扯皮，但是实际上君臣都很清楚，一般的百姓是没有侵占军屯土地的胆量的，而且即便就是这些百姓们偷偷的种了卫所的土地，地方官府会为了他们和卫所撕破脸吗？显然是不可能的，这些所谓常熟县的民人，实际上就是当地的豪强，他们买通地方官府，强行霸占军屯。
这种事情在大明是非常之常见的，到底是民占军田还是军夺民田，其实有时候朝廷自己也说不清楚，但是现在文贵武贱，朝廷在处理此事的时候，自然是偏向于地方官府的，卫所往往处于弱势，这点是很明确的。
但是这些地方确实是地狭人稠，要是强行恢复当年的军屯的话，就会使得百姓无地可种，所以无论是内阁还是户部，都向朱载坖陈述在这些地方进行清丈田亩可能造成的动荡，这些地
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