进深山老林，有的则冒死投奔各地藩镇唐军。
黄巢也渐渐听到百姓怨声载道，知道军心民心已乱，于是在军中再下严令：
“凡有胆敢抢夺百姓财物、奸污妇女者，一律斩首示众，绝不姑息！”
可是士兵作乱已久，恶习已成，根本难以制止，杀一儆百不过是做做样子，抢掠奸淫之事反而愈演愈烈。长安城内十户有九户空无一人，米价飞涨，一斗米竟贵至数千钱，饿死街头之人日渐增多，昔日繁华盖世的都城，如今变成一片人间废墟，就连朱雀大街两旁的商铺酒肆，也被烧抢一空，满眼都是断壁残垣，凄凉无比。
消息辗转数月，终于传到四川，僖宗住在成都行宫之中，听说黄巢已在长安称帝，国号大齐，李唐宗室被屠戮殆尽，历代皇陵又遭挖掘毁弃，当场放声大哭，悲痛欲绝，竟要以头撞柱自尽，左右侍从急忙上前死死拦住，百般劝解，可他依旧捶胸顿足，悲泣不止，对身边侍臣哽咽说道：
“我年幼昏庸，不明事理，宠信宦官，疏远忠臣，以致宗庙倾覆、国家危亡，祖宗陵墓被人挖开，皇室子弟被杀尽，我还有什么脸面去见地下列祖列宗！”
田令孜在一旁躬身而立，连忙上前劝道：
“陛下不必如此悲痛，更不可自轻自贱。如今四川地势险要，府库富足，兵器粮草充足，四方藩镇听说陛下在西川坐镇，必定会相继起兵救驾。黄巢虽然暂时占据长安，不过是釜中游鱼，一座孤城，外无援兵，内无粮草，终究难以长久守住，用不了多久，便会自取灭亡，陛下只管安心在西川静养，静候各路大军收复京城便是。”
僖宗听了这番话，心中稍稍安定，这才慢慢停止哭泣，当即命翰林学士立刻草拟诏书，通告天下，召集各路军队星夜驰援京城，讨伐黄巢，收复长安。诏书一出，天下震动，河东节度使李克用、汴州刺史朱温、河中节度使王重荣、义武军节度使王处存等人，都接到诏书，纷纷起兵，各自率领精兵强将，向关中进发，四方救驾的旗帜，一时间纷纷竖起，大齐政权顿时四面受敌，岌岌可危。
黄巢虽然一时占据长安，登基称帝，声势煊赫，可四方战火已起，民心尽失，粮道将断，败亡之象，其实在他称帝那天起，便已悄悄埋下。