1352年），合肥县复属河南江北行省庐州路。至正二十四年（1363年），明太祖朱元璋占庐州，改路为府，置江淮中书行省于此，合肥县属江淮行省庐州府，又改属江浙行省庐州府，为府治。
明洪武元年（1368年），合肥改属中书省直隶庐州府，为府治。洪武十三年（1379年），合肥改属六部直隶庐州府，为府治。永乐十八年（1420年）置南京直隶，合肥属南京直隶庐州府，为府治。
截至2023年6月，合肥市辖4个区、4个县，代管1个县级市：瑶海区、庐阳区、蜀山区、包河区、长丰县、肥东县、肥西县、庐江县、巢湖市。
合肥市位于华东地区、安徽省中部、江淮之间、长江三角洲西翼，承东启西、连南接北，靠山抱湖、临江近海，介于北纬30°57′~32°32′、东经116°41′~117°58′之间，西接六安市，北连淮南市，东靠滁州市、马鞍山市、芜湖市，南邻安庆市、铜陵市，总面积11445平方千米，其中市辖区面积1339平方千米。
合肥市环抱巢湖，境内有丘陵岗地、低山残丘、低洼平原三种地貌，以丘陵岗地为主，全市海拔多在15—80米之间，平均海拔20—40米；主城区地势由西北向东南倾斜，岗冲起伏；西南部属大别山余脉，层峦叠嶂；海拔最高点为市境西部海拔高度595米的牛王寨。
合肥市地处江淮丘陵，北起舜耕山，南至巢湖盆地周围，大部分地域岗冲起伏，垄畈相间。总的地势是中部高，南北低。江淮分水岭自西南向东北横贯中部，自六安龙穴山进入肥西牛尾巴山，向东延伸，经大潜山、官亭、焦婆、大柏店、将军岭，至长丰山土山、吴山和肥东县中北部八斗岭、广兴一带高岗出境，进入定远县继续向东延伸。自肥西小蜀山北三向庙，有江淮分水岭南侧的一个分支延伸向东，经南三十里岗、大蜀山向市区延伸，形成合肥市区中间高、南北两侧低的局部地貌特征。江淮分水岭以南为长江水系，流域面积4316平方千米，地势由北向南倾斜，沿巢湖一带形成冲积平原，地势平坦，土地肥沃，圩畈绵延。江淮分水岭以北为淮河水系，流域面积2950平方千米，地势由南向北倾斜，大部分为海拔高程30～50米台地，沿瓦埠湖、高塘湖周围有小块狭长的冲
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