哈赤虽受重伤，但对袁崇焕也很钦佩，于是回送礼物及名马，约期再战。
撤军路上努尔哈赤对几个儿子说：“我自25岁起兵以来，战无不胜，攻无不克。为什么单是宁远一城就打不下来?”心中十分恼怒。此后伤势越来越重，八月十一日，在离沈阳40里处的瑗鸡堡忧郁而死，终年68岁。
袁崇焕取得宁远大捷，极大的振奋了明朝军队的士气，使汉人们知道“辫子兵”也不是不可战胜的。袁崇焕在此战中，并没有使用什么出色的谋略，而纯是以勇气和意志来与努尔哈赤誓死一搏。可以看出，如果大明朝廷不是那么腐败，明军中再多些袁崇焕这样的将领，努尔哈赤是无论如何不能打到山海关的。宁远之战后，本来投降后金的的许多汉人官吏和士兵又逃了回来，山海关外许多驻军据点再次被收复。
努尔哈赤死后，他的儿子皇太极继位，改国号为满清。努尔哈赤有幸，父子两代皆是英雄。皇太极此人非同小可，是当时中国最杰出的人物。若单以胸怀而论，历代帝王中只有唐太宗李世民可以与他相比。他用人不疑，放胆使用人才，哪怕是反对过他的人。日后袁崇焕的部将祖大寿曾被清军两次擒获，降而又叛，与皇太极做对十几年。然而皇太极并不计较这些，依然对祖大寿加以重用，可以说是千古美谈。皇太极继承父亲遗志，积极整军练武，准备再攻明朝。
天启七年(1627年)五月，皇太极亲率8万精锐清军再度进攻辽西，连续攻下大凌河、小凌河2个要塞，兵围锦州。此时袁崇焕已升任辽东巡抚，锦州是他修筑的另一座关外重镇，由袁的大将赵率教守卫。
五月十一日，皇太极开始攻城。此时的明军在袁崇焕的训练下，战斗力已是今非昔比。皇太极挥军连续猛攻，但赵率教指挥有度，明军人人奋勇，清军的多次攻势都被击退。而且明军有红夷大炮等火器助阵，清军伤亡很大。袁崇焕一面派兵支援锦州，一面派遣祖大寿和尤世禄带了4000精兵，绕到清军后路去包抄，又派水师去攻东路作为牵制。皇太极一直攻到六月初四，还是不能得手，只得撤兵而去。
皇太极并不服气，整理好了兵马之后，又来攻宁远。
皇太极起初佯装叫阵力疲退兵，想引明军追来好半路伏击。袁崇焕看出他的计策，令坚守营垒并不出击。皇太极无奈
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