船“二辰丸”号，计划在东沙长期据守。大清政府的反应是相当敏锐和迅速的。两江总督端方首先得到消息，迅速向外务部报告了该情况，他在电文中明确指出：“凡闽粤人之老于航海者及深明舆地学者，皆知道该岛为我属地。”同时，端方也将情报电告两广总督张人骏，并强调此岛“确是中国之地，不可置之不问”。
照理说，两江总督插手两广的事情，本是官场大忌，但难得的是，无论端方还是张人骏，对此并不在意。两位封疆大吏开始了频繁的电文来往，积极调动一切资源，查资料、找依据，并在1908年年底，共同要求南洋海军协助进行实地调查。1909年春节一过，南洋海军副将吴敬荣便率飞鹰舰远航东沙，确认了该岛已被日本人强占，并拍摄了照片作为证据。张人骏随即将有关东沙岛的各种文献，包括英、法海军的相关海图，连同飞鹰号拍回的照片，急送北京外务部。在公文中，张人骏指出：日本人“私占有据，若不设法争回，则各国必援均沾之例，争思攘占，所关非细”，希望外务部“迅与日使交涉，饬将该国商民一律撤回，由我派员收管，另筹布置，一申主权”。
1909年初夏，飞鹰号协同一艘海关巡逻艇再度远航东沙取证，还顺道巡视了西沙群岛。张人骏在提交给北京的报告中，提出东沙、西沙“适当欧洲来华之要冲，为南洋第一重门户，若任其荒而不治，非惟地利之弃，甚为可惜，亦非所以重领土而保海权也”。
美国的《基督教箴言报》报道说，大清特遣舰队的“吴司令”(吴敬荣)建议朝廷向所有可居住的南海岛屿尽快移民。《基督教箴言报》的报道同时也说，北京政府要求广东地方当局不要公布有关事件，以免刺激已经兴起的抵制日货行动。其实，并没有史料证明，大清中央政府在东沙问题上，有任何钳制舆论的计划。东沙岛事件成为1909年庶民参政问政的焦点之一。此时的民意主流，依然是抵制日货。
一年前，那艘曾向东沙岛运送移民和军火的日本商船“二辰丸”号，因走私携带大量军火接济革命党，在澳门海面被大清海军成功拦截，当场缴获大量弹药，愤怒的中国水兵扯下了船上的日本国旗。但在日、葡两国巨大的外交压力下，当年3月19日，清政府被迫释放“二辰丸”号，并鸣礼炮2
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