将金玉均的尸体凌迟暴尸，还处理了金玉均家族。这一事件令日本朝野上下颜面无光，恼羞成怒，纷纷谴责日本政府的软弱。
5月20日，日本议员犬养毅等各界人士约2000人在东京浅草寺举行金玉均葬礼。葬礼上众人声称将金玉均遗体运回朝鲜是对日本极大侮辱。
随后，“征清论”等宣传在日本媒体上被连日渲染，日本政府和民间在挑战清朝上逐渐形成一致。在日本，很多人也把“金玉均暗杀事件”与朝鲜东学党农民起义，共同视为甲午中日战争爆发的直接原因。