阿契美尼德王朝本土发生了多次的叛乱;虽然最终都获平定，但却大大动摇了王国本身的基础。公元前359年，阿达薛西三世登基。由于他拒绝帮助雅典对抗北面的马其顿，与雅典闹翻。马其顿其后统一全希腊，当公元前336年，腓力在其风华正茂之年，在事业的巅峰时期遇刺身亡之际，一支马其顿的先头部队已经抵达亚洲。
公元前334年，腓力之子亚历山大跨过达达尼尔海峡。经过格拉尼库斯河战役、伊苏斯战役和高加美拉战役，摧垮了阿契美尼德王朝的军事实力，大流士三世每战必逃，终于逃到巴克特里亚后被杀。公元前330年马其顿在亚历山大大帝的领导下攻入波斯波利斯。阿契美尼德末代国王大流士三世被部下所杀，阿契美尼德王朝正式灭亡。