明代提学设官后，由于职责与职权未能平衡，因此有的提学官试图打破令甲所限，在官学之外别建书院来走出制度困境。
明代提学官所建书院有衙署、祭祀、聚徒讲学三大类型，影响最大的是聚徒讲学型书院，其中的精英教育以省级书院成就最高，一定程度上填补了官学系统中省一级的空白。
中晚明王学兴起后，王门后学利用担任提学官的机会，通过建设书院来传播新思想，更将讲会制度引入官办书院，通过思想与制度的双重渗透瓦解了官学体制中的师生秩序，以讲学同志的连属形成团体。
此时，秉持取士之权的提学官在选拔讲学团体成员时面临私相授受的指控，进而引发了万历初年张居正的学政改革，明令提学官“不许别创书院”。
此后，提学官通过建设书院来“教士”的行动遭到打击，逐渐向专于“校士”的职能转变。
有明一代，在王阳明先生提出了以“致良知”为核心的心学后，认为即使是愚夫愚妇也是平等，而其学生，同时也是反对张居正的学者何心隐在其著作《原学原讲》中所提出的学习知识就是需要讲学的。
而讲学本身需要场所，这个场所便是书院，所以明代书院数量繁多，讲学之风繁盛，读书人在学院里学习知识、禀承两宋书院之风，大胆议论政治，同时以书院为结点，强调传统“五伦”之中的朋友关系，发展私人情谊。
五伦即为君臣、父子、兄弟、夫妇、朋友的关系。
当时许多地方上有名望的读书人都加入书院讲学的范畴，并以此结成了深厚的情谊。
这样一股势力，是朝廷所不能忽视的，特别是部分基层官员也经常参与书院的活动，甚至有的官员将日常政府工作中遇到的问题拿到书院中讨论，由读书人们来决定如何处理。
发展到后来，在野的士子在东林书院汇聚，发挥出巨大的影响朝政的实力，正是由各地书院对政府的细微影响点滴积累而来。
张居正或许已经从最近士林中聚会议事中感觉到了不好的苗头，所以写下《请申旧章饬学政以振兴人才疏》。
不过魏广德只听说东林党，也知道东林书院厉害的很，但并不完全知道他们是通过什么方式汇聚力量，进而在朝堂稳步发展，茁壮成长，成为晚明最大毒瘤。
所以，在看到张居正奏疏后，第一反应是张居正要打击报复士林。
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