558年以后的12年中，腓力都在不惜一切的成本扶助伊丽莎白，以确保其王位，好对玛丽保持一个对抗的势力。
对于西班牙而言，一个友善的英格兰具有极大的重要性，因为英格兰的位置恰好威胁西班牙到日德兰之间的海上交通线的侧面。
不过这一切在1560年发生了变化，法兰西斯二世逝世，继承者为他的兄弟查尔斯九世，并暂时由他的母亲卡特琳摄政。
1561年8月，玛丽回到苏格兰，并在1567年，她在苏格兰暗杀了他的第二任丈夫达恩里勋爵，并于1568年逃往英格兰避难。
从此，她就被伊丽莎白所拘禁，以终余年。
演变，再加上反西党在英国的得势，使得腓力改变了他对玛丽的政策。
因为玛丽已经不再是盖斯家族的直接工具，所以腓力现在也不再站在伊丽莎白一边，反而利用玛丽来当作制造反伊丽莎白阴谋的支柱。
在这个工作上，他也受到了教皇庇护五世的支持，教皇在1570年，曾对英国女王处以破门之罪。
英国和西班牙关系的破裂，其中还有一个因素就是经济上的冲突。
普利茅斯的约翰·霍金斯开始抢劫非洲的运奴商业，这本是西班牙王室的专利买卖。
因为这种不合法的生意能获得极高的利润，所以英国女王居然与霍金斯合伙，把她自己的一艘船“耶稣”号借给他使用。
1567年10月2日，霍金斯从普利茅斯出海，另外有两艘伴船，“米仑”和“裘地斯”号，后者就是由法兰西斯·德雷克指挥。
霍金斯首先开往几内亚的海岸边上，在那里他捕获或购买了五百多名黑人，然后再驶往西印度群岛，秘密地把他们卖给西班牙的殖民者。
途中，他进入了圣胡安港，去寻找饮水和掩蔽，并在港口上设防，不让西班牙船只进入。
这时，新上任的新西班牙总督恩里奎斯也率领舰队到来，因为正好有风暴，恩里奎斯害怕翻船，就与英国人谈判，允诺只要让他进入港口，就决不侵犯英国人，并让他们补充粮水之后自行离去。
几天之后，恩里奎斯却突然向霍金斯的船只开火，经过了一场战斗，“耶稣”号不得不投降，不过另外两艘伴船却逃走了，并于1569年1月回到了普利茅斯。
正当霍金斯在向祖国返航时，又发生了另外一个事件，而且是比较严重的。
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