表水系较为发达，发育分别源于江淮分水岭两侧，或南流注长江，或北流入淮河，多年平均水资源总量为39.76亿立方米。以江淮分水岭为界，岭北为淮河水系，岭南为长江水系，淮河水系主要有东淝河、沛河、池河等，湖泊主要有瓦埠湖、高塘湖；长江水系主要有南淝河、派河、丰乐河、杭埠河、滁河、裕溪河、兆河、柘皋河、白石天河、西河等，湖泊主要有巢湖；境内还有跨流域的淠杭灌溉河总干渠、滁河干渠、瓦东干渠等工程以及几十座水库和数千口塘坝。
合肥市境内乔、灌木树种工有179种，隶属于59科111属常绿乔木常见的有白皮松、马尾松、油松、黑松、黄松、桂花、广玉兰等等。落叶乔木常见的有水杉、池杉、落羽杉、腊梅、皂荚、合欢、黄檀、山檀、刺槐、槐树、垂柳等等。灌木常见的有茶树、千头柏、海桐、黄杨、大叶黄杨、月桂、小叶女贞、枸杞等等。木质藤本植物主要有爬山虎、葡萄、葛藤、紫藤、常春藤、南蛇藤、千金藤、威灵仙等等。
合肥市境内绿肥植物主要有红花草、水花生、水浮莲、水葫芦和红萍等。药用草本植物共有1000种左右。其中主要有龙胆草、益母草、土藿香、苍耳、金钱草、牛蒡、蒲公英、紫花地丁、夏枯草、紫苏、艾茴香、野菊、芭蕉、车前草、谷精草等等。杂草主要有白茅草、芭根草、狗牙根、荒草、刺桔、剪刀股、狗尾草、牛皮毡、鹅观草等等。
合肥市境内昆虫有几万种，少数是益虫，其中主要有家蚕、蜜蜂、蜻蜓、螳螂等。危害水稻生长的主要有稻纵卷叶螟、二化螟、三化螟、大螟、稻飞虱、稻叶蝉、稻苞虫等；危害蔬菜生长的主要有蚜虫、菜青虫、小菜蛾、黄条跳甲等；危害树木生长的主要有松毛虫、松梢虫、黑翅土栖白蚁等。无脊椎动物常见的还有蚯蚓、蜗牛、蚌、螺、虾、蟹、蜘蛛、蜈蚣、蟋蟀、蚂蚁等。