朱由检自己也觉得只用杨所修容易引人怀疑，甚至会被人制造舆论，又下令道：
“原正四品右通政刘宗周，起复署理正四品佥都御史。”
“进京后和杨所修一同负责调查阉党人员罪行，对他们提起公诉。”
这下袁可立没话说了，刘宗周是著名的东林党人，有他一同负责查办阉党，谁都没有话说。
刘宗周名望极高，甚至可以说在顾宪成、高攀龙死后，他是大明士林仅存的泰山北斗。
朝廷都公开赞扬刘宗周“千秋间气，一代完人，世曰麒麟凤凰，学者泰山北斗”——
如果朱由检这个皇帝不用他，甚至都有可能被非议“野有遗贤”。
所以在打倒阉党之后，刘宗周就被朱由检列入第一批起复名单。而且他记得刘宗周是殉节忠臣，还知道他是大明最后一位儒学大师、宋明理学心学殿军、黄宗羲的老师。虽不知他能力如何，还是起复为佥都御史，负责查办阉党。
朱由检相信这个在天下间深孚众望的人，不会让自己失望。即使以后有人对阉党的处置有非议，也能借助刘宗周的名望压下去。
果然，刘宗周的名字一出，谁都没有话说。对他署理佥都御史，没有任何异议。
唯一的问题是，朱由检任命的佥都御史太多了，超过左、右二人。
许宗礼提出这个问题，朱由检道：
“副都御史和佥都御史这两个职位，以后就不再区分左右，根据所负责的职务，设置一位副都御史、四到六位佥都御史。”
“以后都察院由左都御史执掌院事，副都御史协理院事，佥都御史负责具体总署。”
“设置专门的右都御史，负责监察科道官员，并且和吏部一起管理御史加衔。”
“其他不在都察院却有御史加衔的官员，朕授权他们和真正的御史一样拥有监察权，可以监察不法，并且能监督科道官员。”
“十三道监察御史不变，仍旧负责原有公务。”
说着都察院机构的调整，朱由检为了让他们转向监督官员，还讲解具体运行：
“所有监察御史都有独立监察权，根据监察出事务的分类，提交给不同的总署协助。”
“如果有官员涉嫌腐败，监察御史查出后，可以提交给廉政总署查处，确定具体证据。最终的结果由该监察御史和负责廉政总署的佥都御史签字。”
“如果有官员在财政收支上有问题，那就提交给审计总署
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