朱载坖认为，不仅要重惩这些涉案官吏，追缴赃物赃款，更重要的是要建立一套完整的仓储管理系统，就仓储管理而言，两宋的制度是最为完备的，朱载坖认为，取法于两宋，在大明建立起完备的仓储管理制度，不仅是朝廷的银库、军储、军需、军械军器等仓库，更加重要的是要对于应急备荒的仓库建设。
大明的荒政一向很烂，一旦发生大的灾荒，朝廷除了减免赋税、拨银赈济之外基本上没有任何办法，但是其实灾区最需要的是大量的粮食、药品等物，同时需要朝廷组织灾民恢复生产自救，这些都是朝廷和地方官府需要做的，但是由于大明地方缺乏仓储，导致荒政无法推行，朱载坖要借由重建仓储体统，重振大明的荒政。
朱载坖要求内阁与吏部、户部、都察院等商量出一个完整的仓储系统，从地方到朝廷中枢，以备边应急为仓储建立的主要目的。
当初，此次仓储发生的弊案也是朱载坖要严惩的地方，朱载坖命令都察院、户部详细计算各仓的损失，严厉征缴赃物，同时将大批倒卖朝廷物资的奸商予以抄没，除了主犯正法之外，举家流放缅甸、哈密和辽东，充实当地的人口，加强朝廷对于这些地方的控制。
在陆绎和冯保的指挥下，厂卫在京师抓捕案犯，抄没家产，不管是锦衣校尉还是东厂番子，都发了一笔横财，对于这些事情，朱载坖当然是心知肚明的，但是朱载坖很清楚，要给这些人一点甜头，否则的话厂卫怎么是天子鹰犬呢？
对于厂卫做大，朱载坖到没有这个担心，现在的厂卫已经不是嘉靖年间那么和谐了，冯保想要重振东厂的声望，陆绎也要重振锦衣亲军在陆炳时的威风，东厂和锦衣亲军像两只斗鸡一样，这几天朱载坖就收到了不少东厂密报锦衣校尉在抄家过程中私吞财产的事情，陆绎也向朱载坖奏报东厂买放嫌犯的事情，朱载坖没有让他们来处理，而是命令领侍卫内大臣严绍庭督率亲军诸卫将这些嫌犯抓获，同时对一些私吞案犯财产数额大的锦衣亲军军官，由亲军拿捕，直接送卫尉寺严办。
朱载坖的行为很清楚，就是告诉冯保和陆绎，除了厂卫之外，朱载坖还有其他的眼睛盯着他们呢，朱载坖命令严绍庭提督五城兵马司，也确实由这个意思，五城兵马司是大明在南北两京设立的专司负责治安的机构，五城兵马司的职
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