抓捕士子，这在大明是很少见的事情，大明一向对于这些士子们极为优待，只要是个秀才，就拥有见官不跪的权力，即便是州县正印，也把他们没有办法，因为就算是秀才，州县正印想要褫夺他们的功名都得先行文学政衙门再说，再加上这帮士子们背后还都有士绅们撑腰，州县官司还真不好管他们。
他们就更加的有恃无恐，不把朝廷官府当回事，尤其是在东南就更是如此，他们根本不怕朝廷的官府，朝廷在这里的存在感本就不强，地方官府就更加弱势了，这些士子们久而久之对于朝廷法度，官府威严根本没有任何敬畏之心。他们认为张居正抓捕士子是在挑衅他们。
面对张居正动用督师标营抓捕闹事的士子，他们更加激烈的反抗，甚至有人借机闹事，打砸商铺，这下张居正可没有惯着他们，随即以生员作乱为由下令南京戒严，更加大规模的抓捕闹事的生员，同时张居正借机派遣官军进驻各个书院，强势先将南京各书院接管了。
面对张居正的强势，士绅们这才惊讶的发现自己之前的能够威胁张居正的手段都没有任何作用，张居正根本不把什么士林清议当回事情，张居正直接动用官军对付这帮生员，而且张居正动用的不是东南的官军，而是自己从京师带来的督师标营。
吴惟忠部虽然也是浙兵出身，但是在北直隶几经整补，向吴惟忠部补充了大量的北方兵员，现在的吴惟忠部，虽然其中的一些军官还是浙江人，但是其中有大量的蓟镇军官，他们和浙直的士绅们没有任何关系，也不怕什么士子生员，在北方，士绅们可不敢有这么大的胆子。
张居正正是依靠着这六千督师标营，将整个南京城内的书院和士子们给收拾了，随后张居正传檄浙直总兵俞大猷，要求浙直总兵俞大猷提兵防备，严防各地造反作乱。
而做完这些之后，张居正一面上疏朱载坖，将南京的事情定性为内乱的十恶大罪，要求朱载坖派遣钦差严查此案，同时据南京锦衣卫获取的口供，华家也有子弟参与了南京的内乱，张居正随即下令在无锡县的掌南京锦衣卫事严绍庭，查抄华家，获取证据，同时传檄浙直总兵俞大猷派兵协助严绍庭，防止有人袭击锦衣卫并且毁灭证据。
收到张居正的命令之后，严绍庭随即指挥锦衣校尉查抄华家，收到消息的士子们当然不肯，和锦衣卫
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