龙所派出的两支阻击船队虽然都很快战败，但的确为十八芝争取到了非常宝贵的一段撤离时间，岛上的青壮几乎都已经在联军舰队抵达之前一个小时撤离了马公港，以最快的速度往北方逃窜。被联军舰队堵在马公港的，几乎都是散兵游勇和装载闲散人员的船只了。
“追吗？”王汤姆看着已经接触到海平面的夕阳，征询颜楚杰和钱天敦的意见。
“算了，安全第一。今天还是先把马公港清理下来再说，明天再派船队去撵一撵十八芝的屁股吧。”颜楚杰稍一犹豫，最后还是选择了放弃追击。
钱天敦对此也持比较慎重的态度：“这里岛屿众多，我们对澎湖附近的海域又不熟悉，打夜战太冒险了，也没有冒这个风险的必要。还是先缓一缓，等明天再让舰队清理附近海域。”
两名同僚都建议稳重应对，王汤姆也不会坚持冒险作战，当下便通过电台通知另外两支舰队，让他们收拢队伍，开始对马公港码头进行清理。同时派船通知福建水师，让他们派船往南北两个方向沿海岸线进行搜索，看看澎湖岛沿岸是否还有尚未来得及撤离的海盗船队。
在意识到大势已去之后，滞留在马公港未能来得及撤离的数千人没有再进行无谓的抵抗，大约三分之一的人选择了就地投降，剩下的人则是抱着侥幸心理撤向了内陆，指望敌人对澎湖的攻打只是短期行为，打完这一波之后就会撤回大陆。
颜楚杰也没有急于让部队连夜进行搜捕，而是在马公港划定了驻扎区，让运兵船和货船能偶尽快入港停靠。这次的联合行动，海汉与福建军方总共投入了近万作战人员，还动员了几乎数目相当的民夫负责后勤辎重。不过开战之前的种种担心，现在看来都已经不会出现了，十八芝接连驶出丢车保帅的招数，已经表明了他们没有打算在澎湖岛上再组织像样的抵抗。这样一来联军要实现占领澎湖的作战意图就十分轻松了，只要逐岛进行清理就行。
在军官们上岸享用晚餐的时候，福建水师送来了另一个消息，根据之前海战所俘获的海盗交代，下午在海上交手的第二波海盗船是由十八芝首领之一的郑芝莞指挥，而郑芝莞本人的坐船已经在交战中被海汉舰队用火炮击沉，估计是不太可能生还了。至此十八芝的首领中已经有三人战死，三人被擒，这个战果已经足以让福建官府对朝廷
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