建水师加入作战，声称自己有足够的力量消灭林凤残余兵力，不必麻烦明朝水师了。林凤殖民菲律宾失败后，回到台湾附近海面，继续与官府周旋，最终无力复振，部下接受招抚，被解散归还原籍，本人却隐姓埋名，不知所终。
林凤的马尼拉之战被后来的学者认为：“在这场激烈的浴血厮杀中，双方的参战者都没能意识到：他们正在历史的交叉点上激战，而这场看似小小的战斗，将决定谁是太平洋的真正主人。西班牙人如果战败，他们就将失去刚刚获得的战略据点菲律宾，进军中国的称霸世界的伟大梦想将成为泡影;而中国人如果胜利，则将获得一块肥沃的殖民地，在南洋深处建立起又一个龙的国度。”
从殖民主义角度看，林凤对马尼拉的远征，可谓与西方争夺东方殖民地而大动干戈的先锋型人物。表明个别中国人参与了全球近代化的过程。荷兰占据台湾是地地道道的殖民行为，郑氏集团用武力占据台湾之举，除了收复故土的爱国主义性质之外，也是符合当时盛行的海上殖民的行为方式，即用武力夺取海外新的土地，移殖人口、建立地方政权，建立东亚贸易秩序，并两次打算进取菲律宾，应该说也具有卷入了以殖民开拓为特征的世界近代化进程。
郑氏集团与海权实践
郑芝龙是福建泉州府南安石井乡人，后入伙东南海商李旦、颜思齐集团，李、颜死后，郑芝龙成为首领。当时远东形势是英国和荷兰先后在1600年和1602年成立了各自的东印度公司，开始殖民扩张。1622年，英荷双方组成联合舰队，远征东方，是年，荷兰占领了台湾。
曾有学者指出：“十七世纪初，荷兰占领台湾，其重要目的有二，一是军事意义，即以台湾为据点，扼住葡、西两国的贸易路线，破坏敌方贸易;掩护本国船只，俾贸易可使安全。另一方面是经济的意义，即以台湾为根据地，俾能在国际贸易中活跃，其实台湾曾在荷兰的东方贸易中成为极重要的转嫁基地，获益甚巨，而荷兰在台湾贸易的盛衰，完全看大陆供应是否充裕，其与大陆的情势相表里。”
郑芝龙海上集团与明朝官方几经周旋后接受招安，他的身份在海盗、海商、官军三者之间变换，左右逢源，逐渐发展成为东南沿海最大的军事商业势力，并和以台湾为据点的荷兰殖民势力发生
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