元修与三个堂姊妹姘居，将她们都封为公主，《资治通鉴卷一五六》：“魏孝武帝闺门无礼，从妹不嫁者三人，皆封公主。”
534年元修与高欢决裂，高欢带兵从晋阳南下时，元修于七月廿八日(8月22日)率一部分兵众，偕同情妇元明月及元明月的哥哥元宝炬等入关中投奔其妹妹的未婚夫宇文泰。
同年十月十七日(11月8日)，高欢以元修弃国逃跑为由，遥废其帝号，另立元善见为帝，十日后迁都邺。《资治通鉴卷一五六》：“冬，十月，丞相欢至洛阳，又遣僧道荣奉表于孝武帝曰：‘陛下若远赐一制，许还京洛，臣当帅勒文武，式清宫禁。若返正无日，则七庙不可无主，万国须有所归，臣宁负陛下，不负社稷。’帝亦不答。”高欢“遂立清河王世子善见为帝”。
闰十二月十五日(535年2月3日)，宇文泰以元修淫及堂姊妹有伤风化为由，把元明月和元修都给杀死，《资治通鉴卷一五六》：“平原公主明月，南阳王宝炬之同产也，从帝入关，丞相泰使元氏诸王取明月杀之。帝不悦，或时弯弓，或时椎案，由是复与泰有隙。癸巳，帝饮酒，遇鸩而殂。”
宇文泰改立元宝炬为帝，《资治通鉴卷一五六》：“泰乃奉太宰南阳王宝炬而立之。”北魏从此正式分裂成东魏、西魏。
元修死后被宇文泰下令埋进草堂佛寺，十余年后才得正式落葬。西魏上谥号为孝武皇帝，东魏则称他为出帝。