不得不在长子褚英和“四贝勒”、“五大臣”之间作一个抉择。他反复权衡，最终决定疏远褚英。尔后两次进攻乌拉，努尔哈赤都没有派褚英出征，而让他在家留守。
褚英并没有从中汲取教训，反躬自省，暗自韬晦。相反，《清史稿褚英传》记载：“褚英意不自得，焚表告天自诉”，于是获“咀呪”之罪（《清史稿》卷二一六）。万历四十一年（1613年）三月二十六日，努尔哈赤命将长子褚英幽禁在高墙之中。
“四贝勒”和“五大臣”借机联合向努尔哈赤告发褚英。努尔哈赤让他们每人写一份文书呈送。《满文老档太祖》癸丑年即万历四十一年（1613年）记载他们控告褚英的“罪状”是：
第一，褚英挑拨离间，使“四贝勒”、“五大臣”彼此不和；
第二，声称要索取诸弟贝勒的财物、马匹，引起诸弟不满；
第三，曾言：“我即位后，将诛杀与我为恶的诸弟、诸大臣。”
这些罪状无疑加速了褚英的悲剧进程，而他此时已经失去了申辩的权利。
万历四十三年（1615年）八月二十二日，褚英死，年仅36岁。后葬在清东京陵。
褚英是病死，是幽禁而死，还是被处死？在褚英死后300多年时间里一直是一个历史之谜。《清史列传褚英传》记载：“乙卯闰八月（《无圈点老档》记作“八月”），死于禁所。”也没有交待褚英的死因。《满文老档》记载褚英事迹也很简略。
褚英死因之谜是怎样被揭开的呢？事情是这样的：
1962年，在台湾台中市雾峰北沟故宫博物院地库里，发现了《满文老档》（即《无圈点老档》）。后广禄、李学智先生以《老满文原档》为书名加以介绍。
1969年台北故宫博物院加以影印出版，以《旧满洲档》作书名，陈捷先教授撰写长文介绍。在中国第一历史档案馆，清朝在乾隆时期对这份“老档”的整理与重钞的档案。当年官员从满本堂（收藏满文档案房）借还书以及呈送时都用《无圈点老档》这个名字，于是称它作《无圈点老档》，并且对其七部重钞本也分别定了名称。《无圈点老档》中对褚英之死作了记载，从而解开了褚英死因之谜：
聪睿恭敬汗以其长子阿尔哈图图们，心术不善，不认己错，深恐日后败坏治生之道，故令将其囚居于高墙内。经过二年多之深
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