解之谜。而他又往浙中，结识一个姓胡的余姚人，亦明官员后裔，后两人谈经论文后，这个人颇钦佩他的才学，劝他还俗，并将女儿嫁给她。从此朱慈焕以余姚王士元为名靠教私塾为生，一家人其乐融融。
朱慈焕就这样平淡地过了几十年，在这几十年的时间里，南明覆灭、三藩之乱，甚至还有人假借其名聚众反清，但这些都激不起这位浙江乡下老人心中的涟漪，唤不起他的“雄心大志”。康熙四十四年，朱慈焕在宁波认识秀才张月怀，后来别人亦称他张老先生。不久，发现张行事不安分，居然发现这个张月怀假借他之名试图起事，于是便带家属仓皇逃到湖州长兴县。后风声吃紧，宁波、镇海都“一步一步挨查”，试图起事的人被抓了十几个。随后朝廷追查日益紧迫，朱慈焕闻得东窗事发，妻女六人，均上吊自尽，三子一孙，均被捕收。再后来至康熙四十七年，官府逮捕康熙四十五年在大岚山起事的浙东和尚张念一，并从其口中得悉慈焕的行踪。四月，在先后逃亡64年后，朱慈焕在山东汶上县躲避被捕，押解京师受审。
当时官员们对着老态龙钟的朱慈焕拿不定主意，追了几十年的“危险人物”其实早已成了无力老头。审讯时，朱慈焕一下子就把清吏问住了，“况吾今七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩叛乱之时，而反于清宁无事之日乎?且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，吾曾有一此乎”，大意就是我今年都已经七十五岁了，头发都雪白了，况且在三藩之乱的时候都没出来捣乱，现在这个时候还造反不是没事找事吗?况且谋反的人，必然占据城池，积蓄粮草，招兵买马，大招兵器，我做到哪怕任何一项吗?
不过清朝廷最终还是放心不下，九月，康熙朝五位大学士在审讯后结案由张廷玉书上奏称：“王士元自认崇祯第四子，查崇祯第四子已于崇祯十四年身故，又遵旨传唤明代老太监，俱不认识。王士元明系假冒，其父子俱应凌迟处死。”最终在逃亡60多年后，朱慈焕还是难逃清朝的手掌心。
不过朱慈焕还是崇祯子女后代中活的最久的一位，也算福气旺。