大臣鳌拜等支持下，控告汤若望等传教士借修历为名，内外勾连，谋为不轨。汤若望被捕入狱，次年拟凌迟处死。不久京师地震，汤若望免死羁狱，旋获孝庄太皇太后特旨释放。
康熙五年七月十五(1666年8月15日)，病死于寓所。