80年3月，陈永华自请解除兵权，因忧悒成疾，当年在台湾病逝。郑经亲临吊丧，谥文正。
陈永华死后，葬在今台南县柳营乡，后来清朝把他的骸骨迁葬回福建泉州，现存的仅是空冢。此外，民众为感念他的德泽，还设庙祭拜，就是今日台湾台南市中西区府前路上的“永华宫”;“永华路”同样也是为了纪念他而命名的。