为太子，司马道子封为琅琊王，遗诏命大司马桓温辅佐。司马曜在立为太子的同一天登上皇位，可谓双喜临门，是为孝武帝。司马曜此时年仅十一岁，就表现得与众不同。简文帝死后，按礼，他在黄昏的时候应该前去哭悼，可他偏偏不去，回答道“悲痛来了就哭，那有什么常规?”谢安听了大为感慨，认为他年纪虽小，但是精明程度却不差于简文帝。
宁康元年(373)桓温病死，谢安不希望恒温的弟弟桓冲入朝扶政，于是不顾尚书仆射王彪的反对，请崇德太后临朝摄政，而实权抓到自己手中，在谢安和王彪的共同辅助下，东晋的局势慢慢安静了下来。
太元元年(377)年孝武帝已经十五岁了，他已经成年可以亲历朝政了，按照常理，临政的崇德太后应该下诏归政，朝政仍然由谢安主持，孝武帝对谢安很尊崇，但是已有直接掌权之志，从太元五年起，孝武帝开始重用自己的弟弟司马道子，先任命其为司徒，然后又让他录尚书六条事。特别是东晋军队在太元八年取得了肥水之战的胜利以后，谢安的威望达到了顶峰，由此也引起了险恶小人的诋毁，其中攻击最强烈的就是谢安的女婿王国宝。他在道子面前极力诋毁谢安，鼓动了道子挑拨离间，使孝武帝渐渐疏远谢安，于是东晋的大权渐渐地转移到了司马道子手中。
孝武帝认为道子是自己的兄弟，当然值得信赖，他把政事交给司马道子处理，自己却沉迷于酒色之中，不料道子也是嗜酒如命的狂徒，于是兄弟两日夜以酣饮为乐，朝政渐驰。
嗜酒之外孝武帝有迷恋迷信佛教，花费巨资修建佛塔，精舍，平时亲近的大多数是女巫，僧尼。尚书左丞王雅等大臣上书劝谏，但是孝武帝沉溺其中而无法自拔。
太元十年，谢安病死，司马道子被任命为都督中外诸军事。谢安已死，道子的权势日益膨胀，使得孝武帝逐渐对司马道子感到不安，但是他在表面上对道子依然十分崇敬，道子丝毫没有察觉到孝武帝对他的不满，仗着皇弟的身份，骄纵恣狂，有时间与孝武帝一同饮酒喝的醉醺醺的，尽失君臣之礼，这使得孝武帝更加不快，太元十五年，孝武帝挑选了当时很有名望的王恭出任兖、清二州刺史，率军驻扎在京口，暗中对道子加以牵制，接着又在太元十七年立皇子司***为琅琊王，把道子改封为
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