除了司农寺之外，大明另外的一个重要的仓储就是京通仓和各地的军储，之前各地的军储虽然有户部派出的管粮郎中主事，但是毕竟是天高皇帝远，户部能够怎么管他们？地方督抚又不敢管这些京官，所以放任他们和这些仓储小吏勾结，盗卖朝廷的军储。
朱载坖现在将所有的军储仓库划归总督仓场管理，同时将这些仓库的账目整理出账册，所在总督和提督各一册，总督仓场衙门、户部、内阁各一册，同时从都察院抽调巡仓御史，对于所有的军储仓库予以检查，同时每年总督、提督也要巡视军储仓库，核对储粮的数量。
根据新的规定，地方的常平、备荒仓归司农寺管理，而京通仓、军储仓则归总督仓场管理，而户部作为总管财政的部门，不实际管理司农寺和总督仓场衙门，而是备份账册，对于司农寺和总督仓场衙门行使监察权，与都察院巡仓御史一道对这些仓库予以监察。
隆庆十一年看似是风平浪静，实则是暗流涌动，不管是大明、蒙古、倭国、还是西夷南洋，都是在积蓄这风云，看来是要出大事的。
首先是在南洋，隆庆五年，吕宋亡国，其国王逃奔大明，被朱载坖安置在南京，但是佛郎机并没有将吕宋彻底征服，到了隆庆十年，吕宋被佛郎机彻底的征服，今年大量的佛郎机战船和军队从佛郎机赶来，佛郎机人在吕宋兴修港口，增兵加船，使得大明感受到了压力。
虽然佛郎机暂时没有和大明发生冲突，但是佛郎机增加兵力的行为还是使得大明感受到了压力，中南总督殷正茂、南洋水师提督俞咨皋、缅甸水师总兵邓子龙等交章上疏，陈述佛郎机阴图不轨，请求朝廷给南洋水师、缅甸水师增兵加船，尤其是增加大型战舰，以震慑佛郎机人。
而从隆庆十一年六月起，俺答就很少在出现在土默特部的大小活动中，听说是卧病在床，一应大小事务都是三娘子在处理，俺答的病危更是使得大明和蒙古的关系更加微妙，土默特部方面严密封锁消息，使得大明对于俺答的健康情况无从知晓，虽然朱载坖严令锦衣亲军查探俺答的现状，但是土默特部的保密很严，除了知道俺答尚活着之外，大明对于俺答的情况所知甚少。
这使得朱载坖有些担心，俺答身死，大明和土默特部的关系将会发生巨大的变化，而大明必须要取得蒙古部落内的第一手
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