而那些被认为是幕府派系的小藩，则是基本都被吞并殆尽了。
期间虽然也有一些小藩试图奋起反抗，但基本都没有掀起大的波浪，能聚集三五百农兵就已经算是不错了，而这点兵力在已经列装火枪火炮的几大强藩面前根本不够看，往往是战场上刚照面，第一个回合就直接被打崩了。
这其中获利最大的自然是率先动手且准备充分的萨摩藩，一口气吞掉了整个日向国地区，以及丰后国的大半区域，沿着九州东海岸一路向北推进至别府湾。
如果不是福冈藩也在沿东海岸向南推进，在别府湾堵住了萨摩军北上的路线，岛津光久极有可能还不会就此罢休。
福冈藩虽然没有萨摩藩抢占的地盘大，但也几乎吞下了整个丰前国地区，将自己的地盘扩大了近一倍的面积。
而地盘位于九州西北角的佐贺藩则是趁势拿下了筑后国，以及九州以西的平户岛和五岛列岛。不过后者的人口和物产都极为有限，只能算是聊胜于无。
对马藩虽未直接参战，但宗义真在拜访佐世保基地的过程中却迸发了灵感，以佣兵的名义派出军队，协助佐贺藩渡海作战。
这样一来既拉近了与佐贺藩的关系，又趁机锻炼了部队的实战能力，还因此得到了一些经济收益，也算是收获颇丰。
而佐贺藩也得以抽出一部分人马，驻扎到长崎与佐世保湾之间的必经之地，静待幕府的船队去找海汉人完成军火交易。
九州几大强藩之中，唯有大名细川纲利遭到软禁的熊本藩没有登场表现。不过另外几家在石迪文的指示下，也没有在这个时候对其趁火打劫。
毕竟熊本藩实力不弱，可不是普通小藩那么容易打发，真要去吞并熊本藩的地盘，多半会爆发一场激战，而谁也不想在面对幕府的战事之前，先在九州的内斗中消耗掉自己手中宝贵的军事力量。
在此期间，几大强藩或多或少都得到了自己想要的利益，但当所有人都在庆祝胜利时，一直悄无声息的熊本藩却突然有了动静。
细川纲利派出使者前往各藩及佐世保基地，宣布他已从长达两个月的软禁中解脱出来，并且处决了组织和参与此事的所有人员，其中包括了来自江户的一名幕府官员。
细川纲利宣称此事是由幕府官员与细川家的内奸勾结，试图在软禁自己之后更换熊本藩的大名，其性质形同叛乱。而他对这些人的处决也是因为对方负隅顽抗，坚
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