一路逃到苏州，向清军江南统帅、贝勒勒克德浑求援。
勒克德浑闻报大怒。江阴的抵抗已经让他损失不小，如今更加富庶、人口更多的嘉定竟也敢反叛，这是对清廷在江南统治威信的直接挑衅，必须以最残酷的手段，将其彻底碾碎，以儆效尤！
他立即调集了包括八旗精锐、汉军旗、大量绿营兵在内的数万大军，并配备了从江阴缴获和自带的数十门红衣大炮，由他亲自指挥，浩浩荡荡杀向嘉定。
第一次嘉定保卫战，就此爆发。
嘉定人没有江阴那样的坚城，也没有阎应元那样的悍将。但他们有更加深厚的民间组织基础和同仇敌忾的决心。在黄淳耀、侯玄洁等人的组织下，他们利用城内复杂的街巷、水道，与清军展开了惨烈的巷战。老弱妇孺运送砖石、烧煮滚水；青壮男丁则凭借对地形的熟悉，不断袭扰、伏击清军。
然而，绝对的实力差距，依旧是无法逾越的鸿沟。清军的火炮，很快就将嘉定并不高大的城墙轰得千疮百孔。训练有素、装备精良的八旗兵和绿营兵，在巷战中逐渐占据上风。
血战十余日后，嘉定城破。
城破之后，勒克德浑下达了与江阴如出一辙的命令：“屠城”。
但嘉定的屠杀，与江阴的“满城杀尽”又有所不同。勒克德浑似乎更懂得如何“诛心”。他下令，重点屠杀那些“读书人”、“乡绅”、以及所有敢于“藏书”、“聚众讲学”的人。清军按照事先摸查的名册（很多是降官和地痞提供的），挨家挨户搜捕，将无数士子、塾师、藏书家从家中拖出，就地处决，并将其家中藏书付之一炬。
黄淳耀在城破后，与弟弟黄渊耀自缢于西林庵。侯玄洁力战被俘，不屈被杀。
这场大屠杀，持续了整整三天。据后世估计，嘉定城内外死难者超过两万，其中相当一部分是有知识、有产业的“士绅阶层”。繁华的棉布市场化为废墟，无数精美的园林宅邸被焚毁，更有大量的书籍、字画、文物在火光中化为灰烬。
然而，勒克德浑以为，经过如此彻底的血洗，嘉定人应该被吓破胆，彻底臣服了。他留下一部分兵马驻守，自己则率主力前往镇压其他地方的反抗。
他错了。
一个多月后，当清军主力离开，驻防兵力相对空虚时，嘉定周边乡村那些在第一次屠杀中逃脱、或亲人被害、家园被毁的幸存者，在一位名叫朱瑛的义士领导下，再次
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