菲律宾与中国华南隔海相望，自古就是华人移居的重要目的地。明初郑和七下西洋后，中国声威所及，菲律宾的吕宋、苏禄等国都时断时续地同明廷保持着朝贡贸易，但直到16世纪70年代移居菲律宾的华人才逐渐增多。当时明王朝部分开放海禁，而刚刚殖民菲律宾的西班牙对商品和人员极为渴求。华侨的增多也令晚期明帝国与西班牙在菲律宾产生碰撞。
殖民者肆意屠杀旅菲华侨
1565年，西班牙殖民者入侵菲律宾，攻占宿务岛，1571年侵占吕宋，建马尼拉城。西班牙人对菲律宾统治初期，对前往菲律宾的华人采取拉拢政策，因为菲律宾当时的经贸发展要仰赖华人的努力和贸易。但随着华人影响的提升，西班牙殖民者与华人的矛盾开始凸显，并最终导致1603年的大屠杀。
1574年，活跃于福建一带的私人武装头领林凤差点攻占马尼拉，让西班牙殖民者对华人大为恐惧。1593年，菲律宾总督达斯马里纳斯远征摩鹿加群岛，由于他强迫华侨充当桨手，引发不满。途中，达斯马里纳斯所在旗舰上的华侨潘和五等人奋起反抗，将船上包括总督在内的西班牙人几乎尽数杀死(仅12名士兵死里逃生)，随后驾船远走。这次事件后，马尼拉当局煽动排华浪潮。在这一背景下，1594年初，一支中国船队在福建官员带领下，载着士兵和武器到达马尼拉，接回3000名华人。
1603年，菲律宾岛又出现一则传闻：中国皇帝有意占领菲律宾以获取这里的黄金。这一传闻源自一名在吕宋生活多年的木匠，他称吕宋有一机易山，“其上金豆自生”。万历皇帝信以为真，下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮，何况菲岛华侨众多，因此疑心中国想“开疆裂土”。随着排华情绪渐浓，西菲当局欲迫害甚至屠杀华侨的意图越来越明显。
1603年10月3日，不愿坐以待毙的华侨爆发大起义，但由于缺少武器和军事经验，他们仅坚持了41天。起义很快演变成一场大屠杀。在当局的煽动和蒙骗下，包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计，至少2万华侨被杀。
马尼拉忧心明廷报复
大量屠杀华侨对菲律宾本土经济产生致命影响，物资匮乏、经济萧条。当局财政状况严重恶化，甚至需要借贷度
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