将领少贰资时战死。5月21日，元军占领对马岛、壹岐岛。
元军二度来袭、日军临阵败退的消息很快传至京都，朝野上下再次陷入慌乱境地，一时间人心惶惶，京都官民疯狂储备粮食，以致无米可买。
日本后宇多天皇得到消息后在神宫整整祈祷七天七夜，龟山上皇则派人到伊势神宫许愿“愿意殉身以代国难”。
幕府执权北条时宗得知战况的时间稍晚，他问计于南宋赴日僧人祖元大师，祖元要求他“血书大经”，北条时宗立即刺破手指以血写经祈祷。这种行为对于战争的进展表面上看没有关系，却能最大限度地凝聚本国民心。这大概就是宗教的厉害之处。
另一方面，面对元军的继续推进，日军也加紧了防守部署。参加过上一次抗蒙战争的藤原经资依然任九州地区战事总指挥，他动员了约四万武士守卫沿海石垒阵地，甚至连其老父都披甲参战。此外，四国等地的武士约六万人也被紧急动员，以作为后续兵力补充前线。
显然，元军二次东征所面对的抵抗要超过第一次。
东路军在首战告捷之后，按照早先的部署，应于此地等候南路军会师。
洪荼丘、忻都等将领，有抢功突进的冲动。并且他们从捉到的日本岛民口中得知，日本已于太宰府西部六十里处进行战备布置。东路军立即将这一情报向位于高丽合浦的“征收日本行中书省”做了汇报，认为无军应该乘日军布置未备之时乘胜进击。日本行省很可能默认了这一计划。
东路军没有再等待江南军的到来，而是先绕过对马和壹岐，于6月6日南下进攻博多湾。
由于镰仓幕府早在首次遭受蒙古来袭之后，就在博多沿岸构筑了石堤等防御工事，而且有四万日本武士严加守卫，元军很难找到合适的登陆地点，于是转而进军守备相对薄弱的志贺岛。
志贺岛地形狭窄，使得元朝大军团难以发挥优势，反而使得日本武士单兵作战习惯的优势得以发挥。元军在志贺这个小岛没有取得任何实质性进展。
当天夜里，日军借助夜色对停泊在志贺岛沿海的元军船只发起袭扰，且偷袭成功，焚船而逃。
元军自此加强了戒备。
日方的偷袭不但不能奏效，反而导致本国武士死伤惨重，随即下令停止夜袭。但是像伊豫国御家人河野通有这样的顽强武士仍旧坚持连续袭扰元军。
6月7
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