之所以当时没有被杀，皆因他与北魏当时的太武帝拓跋焘互为妹夫：沮渠牧犍的妹妹兴平公主嫁给了拓跋焘，拓跋焘的妹妹武威公主嫁给了牧犍。牧犍即位之初，北魏已是北方强国，风头正健，先灭掉慕容氏的后燕，迫其分为南北两部，又攻灭赫连氏的大夏国，基本统一北方。北凉虽占据要塞，又据山险，但终究不能和北魏抗衡，于是沮渠牧犍采取和亲政策，以作缓和，并接受北魏封号。
可是事情坏就坏在，沮渠牧犍是个闲不住的主儿，他看上了嫂子李氏，并和李氏偷情，“通于其嫂李氏”(《通鉴》)。李氏既得宠幸，便看武威公主不顺眼了，于是和牧犍的姐姐一起给武威公主下毒，拓跋焘听闻，“遣解毒医乘传救之”(《通鉴》)，公主才得以幸免(估计李氏下的也是慢性毒药，要不再怎么快马加鞭也来不及救啊)。
这下可把拓跋焘惹怒了，本帝的亲妹妹被你给欺负，下毒差点害死！大怒！非要牧犍把李氏押解到魏处罚，牧犍哪舍得啊，就悄悄把李氏安置到酒泉，而且待遇不变，好吃好喝的随便招呼。拓跋焘盛怒之下，于公元439年大举进攻北凉，围攻姑臧(北凉都城，今甘肃武威)，北凉军闻风披靡，牧犍最后不得不“帅其文武五千人面缚请降”(《通鉴》)，北凉灭亡。
沮渠牧犍和嫂子私通，咱们暂且不以道德标准论之，单从政治上考虑，也是犯了大忌的，这无疑是对北魏皇帝的一种大不敬。既是这样，沮渠牧犍为什么还要这样做呢?有以下几个原因：首先，沮渠牧犍虽然娶了北魏的公主，但这不过是一种政治上的联姻，是权宜之计，双方并无感情可言。其次，身边多了这么个公主，无异于安插了个魏国的耳目，牧犍不喜欢也在情理之中。最重要的一点，沮渠牧犍和魏帝的地位不对等。武威公主嫁过来，拓跋焘让牧犍安排她做王后，牧犍的原配夫人李氏为此迁居酒泉，不久死掉。而牧犍的妹妹嫁给拓跋焘，只给了个右昭仪的名分，双方地位贵贱自分，北凉在北魏眼里，不过是附属国，牧犍在拓跋焘眼里也只是一种君臣关系，地位如此不对等，牧犍心里肯定不是滋味。还有一点，就是牧犍低估了北魏的实力，北魏攻打北方的柔然失利，这让牧犍觉得北魏也不过如此，不像传说中的那么厉害，即使来犯，也可请与北魏对敌的柔
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