上有所体现外，其乏燃料的再处理工厂是一个更大的核燃料来源。
全日核电机组全部运转起来后，乏燃料的数量是相当可观的，其中至少存在1000吨以上的铀，作为核反应堆的“残渣”，乏燃料其实并不“渣”，其中存在铀235和铀238，还有钚的同位素以及多种裂变反应后产生的元素，比如铯等，其中钚239也有一定的含量。
小日子不仅消耗全日核反应堆产生的乏燃料，还从英法等国吸收乏燃料，将英法的乏燃料运到本国进行再处理，其中青森县六所村的再处理工厂可年处理能力超过800吨。通过美日原子能合作协议和国际间的合作，小日子的钚储备量一直在增加，这都是相当危险的信号。
小日子还将发展先进的沸水堆、先进压水堆以及快中子反应堆，尤其是在快中子反应堆的开发上是小日子核计划最主要的发展方向，在2020年代至2030年代将实现快中子反应堆的商业化的示范性应用，后续将建成商业化的快堆机组。
常阳堆在1977年首次临界，后续的文殊堆的加入使得日本在快中子反应堆的研究上有了进步，此外小日子在乏燃料的存储和再处理上也是大手笔，六所村再处理与陆奥存储工厂是再处理、乏燃料存储的关键之处，保守估计陆奥存储工厂能吸收大约5000吨以上的乏燃料，六所村的再处理与乏燃料存储综合设施的储量更加惊人，乏燃料的存储能力可破万吨，小日子在核弹头的开发上缺少的仅仅是时间。