在朱载坖点用了两名阁臣之后，朝廷之上的这些波澜才算是安定下来，进入了正常的程序中，虽然现在申时行作为后起之秀，风头很劲，但是大家也都看出来了，张居正在朱载坖的心目中地位仍旧是不可撼动的，在可以预见的时间内，张居正的地位是不可撼动的，申时行要想取代张居正，时间还早着呢。
朝廷回归正轨之后，朱载坖首先要求新任吏部尚书杨巍将大明内外官吏进行统计，同时对于大明的督抚辖区进行重新规划，按照之前朝廷的规划，大明共有顺天、南直、辽东、山西、陕西、延绥、四川、云南、贵州、缅甸、广西、广东、福建、浙江、江西、湖南、湖北、山东一共十八名巡抚。
除了巡抚之外，还有蓟辽、宣大、三边、中南、两广、湖广、浙直、河道八名总督，除了河道总督是专司黄河水利之外，剩余的都是有固定辖区的总督，对于这些督抚的辖区和职权，朱载坖认为要加以细化，确定各自的辖区，执掌，而对于这些督抚们辖区，朱载坖首先提出来的就是南直巡抚和浙直总督。
事实上早就有官员提出过此事，朝廷在南直隶的统治机构过于繁琐，从督师南京大学士到浙直总督然后是南直隶巡抚，朝廷在南直隶所设立的督抚过于密集，有些时候对于朝廷的管理并不方便。
归根到底，还是南直隶太过于广大了，设巡抚不好管理，设总督似乎又不太够格，之前为了军务的方便，将南直和浙江划到一起管理，但是这两省都是事务及其繁杂的地方，浙直总督权柄过重，所以屡有兴废，朱载坖这次在和内阁、吏部商量之后，决定罢浙直总督和南直隶巡抚。
对于南直隶，朝廷将其划分为两个巡抚管理，一是凤阳巡抚，驻节中都凤阳府，辖凤阳府、庐州府、安庆府、太平府、池州府、宁国府、徽州府和直隶滁州、和州、广德州。
二是苏松巡抚，驻节苏州府，辖应天府、镇江府、淮安府、扬州府、常州府、苏州府、松江府和直隶太仓州、上海州、徐州。
苏松巡抚和凤阳巡抚直接对督师南京大学士负责，受其管理，这样简化朝廷在南直隶的统治层级，裁减多余官署和不必要的行政层级，同时由于现在大明海上贸易发达，浙江和福建的地位相对上升，为了加强朝廷对于闽浙两地的控制，经略夷洲，朱载坖决定设立闽浙总督，以右都
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