朱载坖思虑再三之后下达上谕，对于九边进行巡视，朱载坖在上谕中说道：“近来缘边列卫，因中原之民艰于供给，故立屯田之法，以代民力，奈何将校不能抚缀，又重困扰之。夫边卫士卒，居则望烽燧，出则御虏寇，天气早寒，田谷少获，比之内地士卒，劳苦加倍，故特遣老成宿将，加以巡视，使朕知边鄙之虚实也。”
朱载坖以巡视九边士卒的名义派遣大将分赴九边，现在俺答毕竟还活着，朱载坖不可能这个时候就命将出征，那背盟的责任就全在大明了，同时朱载坖还进行了一系列的京营和九边将领的调整，朱载坖调丰城侯李儒为佥书南京中军都督府兼守备南京。
原佥书南京中军都督府守备南京的恭顺侯吴继爵调回京师担任总督京营戎政，曹国公李庭竹出镇蓟州，担任提督蓟辽大宁等处军务事。
而派遣潞国公马芳、蓬莱侯戚继光、玄菟侯李成梁巡视宣府、大同、山西、宁夏、固原、延绥、榆林等镇，总督仓场户部尚书王国光巡视九边军储。
当然除了大将的调动之外，各部援军也全部提前出发，赶赴指定的地点，根据朱载坖和参赞军务大臣们的商量，此战除了要动用宣大和陕西三边两大防区自身的兵力之外，还要从京营、亲军诸卫、御马监禁兵和蓟辽三镇大规模调动援兵。
京营三千营全数参战，神机营左哨、右掖、五军营左哨、右掖、金吾前卫、府军后卫、虎贲左卫、燕山前卫、勇士营、腾骧左卫全部调发，逐次调往宣大和陕西三边，还要从蓟镇抽调精骑五千，两个车炮营，辽东镇抽调精骑三千，调往陕西三边。
为了保证调动的保密，参战各部队不是从京师直接调往宣大或者陕西三边的，而是先南下经北直隶往河南，然后从河南分别前往宣大和陕西，同时大量的粮秣、水泥、军器军械弹药等物资，也从京师向陕西和山西调发，为了尽可能的减少粮秣等物资在运输过程中的损耗，经负责粮秣转运的总督仓场户部尚书王国光奏请，朱载坖同意调动山西、陕西、河南等出的备荒仓和常平仓粮食，用以补充军储，实施次第转运，先优先将这些地方的粮秣转运到沿边，然后在从京通仓向各地的常平仓、备荒仓补充粮食。
除了这些之外，朱载坖还有一道密旨，是在明确得知俺答已经去世之后才能由马芳、戚继光与郑洛、方逢时等
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