同时，细分内官监和军器监的职能，军器的研发和生产都归军器监，由严世蕃以工部尚书掌军器监事，而机械的研发和制造则仍旧归属于内官监和文思院，同时朱载坖命令，从军器监、内官监中挑选有研制军器、机械经验和识字的工匠，进入文思院中，负责直接研制朱载坖交办的军器和机械。
令郑王世子朱载堉以宗正领文思院使，负责研制和科技事务，同时命令成立机械学堂，以郑王世子朱载堉为祭酒，专门负责培养精通机械研制的人才，同时下诏，能够向朝廷进献新式军器、机械和有其他科技成果的，朝廷不吝官爵之赏，由郑王世子朱载堉负责接收，军器则由大将们统一考察之后得出结论。
不过大臣们都不看好机械学堂的招生，毕竟哪怕是学算学，也可以通过吏员的考选成为官员，而学机械能够干什么？不能当官对于百姓的吸引力就小了不少，朱载坖表示，为什么不能当官，机械学院学成毕业的，可以当官，而且是可以到军器监、文思院、内官监下属的工场当官，而且毕业就当官，考入就给九品俸禄，朱载坖就是要刺激大明的百姓去学机械。
朱载坖很清楚，子曰诗云是干不过坚船利炮的，现在大明就是要争取先发，以大明现在的体量和国力，哪怕只有一点点的改变，对于大明来说都是极为有利的。
除了建立机械学院以外，朱载坖还下诏要求百官推荐精通机械、军器人才，朱载坖量才给官。
除此之外，朱载坖还将原来分散在各个各个工场之中负责制造机械、机床的工匠集中到一起，成立大明机器制造总局，专门负责各种机械、机床的制造。受内官监和文思院的管理，负责为大明研制和生产各种机械、机床。
朱载坖同时命令在天津、河间、遵化、唐山等地，为这些工匠兴建房屋，分配给工匠居住，所需要的钱财从内承运库出。
除了应对北虏和军器生产上的大调整之外，对于军务，朱载坖下一步的要点主要是在水师上，天津等地的造船厂要为官军水师制造大吨位的战舰，主要是加强北洋和南洋两支水师，南洋水师负责防备佛郎机，保障大明东南海疆，而北洋水师主要负责拱卫京师，为日后的征倭做准备。
俞咨皋已经率领南洋水师出海历练了，北洋水师也要动起来，朱载坖命令北洋水师提督陈璘，统帅水师，出海剿除
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