朱载坖将陈以勤的奏疏下部议之后，部院重臣都没有发表任何意见，这些人都是人老成精的人物，怎么可能看不明白朱载坖再玩什么套路，以首辅李春芳为首的阁臣和部院大臣，纷纷警告这些官员们，尤其是科道和六部的这些司官，千万不要多事，免得自己受苦。
能考上科举当官的，没有蠢人，朱载坖的态度已经非常之明确，连文人私托笔记，传播一些野史，都要被朱载坖严厉追究，郑晓、黄光昇这样的大员尚且逃不过朱载坖的清算，这些六七品的小官哪里敢炸刺，朱载坖是什么样的皇帝他们又不是没有见识过，现在跳出来，除了被朱载坖收拾之外，不会有任何下场的。
当然，大明朝是不缺乏英雄好汉的，礼部郎中王世懋就上疏称：辽金元以来只修实录不修国史，大明也没有必要一定要修正史。
这也确实是一个意见，不过遭到了自己亲哥哥王世贞的反对，王世贞当即上疏称，辽金都是蛮夷，自然是不会编修国史的，现在大明怎可效仿蛮夷，国史必修，以昭大信。
虽然翰林院检讨王祖嫡上疏称：“修史者不达圣祖之意，遂于建文元年以后书其年而削其号，并削其行事之迹，故此数年间独纪靖难事，而不纪所靖之难为何事，若有所曲讳者。夫以成祖所不自讳所不必讳者，而臣子乃欲强为之讳，非以天奉成祖也。且事须有实，直道难枉，今野史所记已多失真，若不及今明为之纪，令后世以久愤之心，信传疑之语，则史臣之失职不足惜，如成祖何？”
公开要求为建文帝恢复帝号，单独立纪，朱载坖深刻怀疑，这孙子上疏以前是不是喝多了。
右都御史署都察院事海瑞迅速作出反应，上疏朱载坖称：“彼辈狂言，当以法绳之，乞下法司严审！”看似海瑞是在帮朱载坖说话，其实朱载坖很清楚，海瑞这是在救王祖嫡，虽然海瑞说的杀气腾腾，但是朱载坖很清楚，三法司都是他们自己人，能审出个什么玩意来？还不是大事化小，小事化了，倒是一旦朱载坖动手，让厂卫收拾他，那就麻烦了。
所以海瑞要率先上疏，通过朝廷法司来处理此事，同时海瑞还给朱载坖上了一道密疏，海瑞说了两个问题，首先就是修史的问题，海瑞认为这些事情都是天家之事，朱载坖圣心独断即可，不必询于臣子。然后海瑞就对朱载坖最近频繁动用厂卫提出了
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