动用武力降服这些手无寸铁的人当然不难，但这势必又将造成更严重的矛盾，毕竟这些宗教机构在民间的号召力，可能要比幕府还大得多。
当然如果仅仅只是对峙的程度，还远不足以让策动此事的那些人感到满意。要想让事态继续发展，那就必须得让冲突持续发生。
在难民聚集的东福寺、八坂神社等地，很快就发生了新一轮的流血冲突。
由于场面混乱，冲突的起因已无法查证，但事后在民间流传的说法非常一致，均称是幕府军率先开枪，射杀了阻挡他们进入难民聚集区的神职人员，随即遭到了部分愤怒民众的反击。
开火的究竟是幕府军，还是躲藏在暗处的浪人武士，那已经不再是事情的重点。
前往东福寺的幕府军冲破僧侣阻拦后，混乱局面却在持续扩大，慌不择路的难民发生了踩踏，有数以百计的人倒地不起。
八坂神社的情况也与之类似，由混乱造成的踩踏事件带走了至少上百条人命。
执行搜捕任务的幕府军也不是全无伤亡，在东山慈照寺的搜捕中，他们还真撞见了躲藏在这里的一群浪人武士，双方拼杀中至少有二十余名幕府军被杀伤，而浪人武士在被包围之后，也全部力战而亡，竟无一人被活捉。
这下跟浪人武士一同待在东山慈照寺的几千难民，都被迫背上了叛党嫌疑，一个都不能放走了。
人虽然是走不了，但消息却封锁不住。所有发生了流血冲突的地点，很快都有相关的消息传播出来。
而幕府此时还在忙于善后，根本来不及公布行动结果，这也就再次给各种经过添油加醋的流言留出了巨大的空间。
于是新的传闻也越来越变本加厉，甚至到了耸人听闻的程度，称幕府军在多处难民聚集地实施了屠杀，就连僧侣和神官也没放过。
还有人称东山慈照寺里里外外几千人被杀了个精光，一个活人都没留，说得有鼻子有眼，并且以当地被幕府军完全封锁为证——如果不是把人杀完了，为什么要把那地方全封住不许进出？
这些传言真假难辨，且幕府也难以自证清白，要说冲突中没死人那肯定没人信，毕竟也不可能百分百地封锁住消息。但要自辩说其实死的没有传闻中那么多，那这澄清的效果恐怕还不如装死不作回应。
这无疑将幕府置于了一个极为不利的处境中，一方面此时讨伐九州的战事正在吃紧，另一方面幕府却对因此背井
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